Η Έλλη Μαλακουνίδου είναι Πνευμονολόγος - Φυματιολόγος και διατηρεί ιδιωτικό ιατρείο στην Πάτρα. Το 2008 αποφοίτησε από την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης και από τότε έχει υπηρετήσει σε διάφορες ιατρικές θέσεις, με εξειδίκευση στην Πνευμονολογία - Φυματιολογία. Η εκπαίδευσή της περιλαμβάνει θητεία ως ιατρός στο πρόγραμμα "Βοήθεια στο σπίτι", ως αγροτικός ιατρός στο Γενικό Νοσοκομείο Πύργου και στην άγονη υγειονομική περιοχή που υπάγεται στο Κέντρο Υγείας Ανδρίτσαινας. Επίσης, έχει εργαστεί ως ειδικευόμενη και εξειδικευόμενη στο Γενικό Νοσοκομείο Αιγίου, στο Γενικό Νοσοκομείο "Άγιος Ανδρέας" Πατρών, καθώς και στη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Πατρών. Κατά τη διάρκεια της πανδημίας COVID - 19, εργάστηκε αρχικά στη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Πατρών και στη συνέχεια ως υπεύθυνη επιμελήτρια στην πνευμονολογική κλινική COVID - 19 του ίδιου Νοσοκομείου, συμβάλλοντας ουσιαστικά στη φροντίδα των ασθενών αλλά και στην αντιμετώπιση της υγειονομικής κρίσης. Παράλληλα, έχει συμμετάσχει σε διάφορες επιστημονικές εργασίες που έχουν δημοσιευτεί σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά. Τέλος, η πλούσια εμπειρία της στην ιατρική κοινότητα ενισχύεται από την πολυετή της ενασχόληση με τις αναπνευστικές παθήσεις και την συνεχή εκπαίδευσή της στον τομέα αυτό.