Η Έλλη Μαλακουνίδου γεννήθηκε και ολοκλήρωσε την πρωτοβάθμια και δευτεροβάθμια εκπαίδευσή της στην Αμαλιάδα, διακρινόμενη για την άριστη επίδοσή της. Κατά τη διάρκεια των σχολικών της χρόνων, βραβεύτηκε με υποτροφία από το Κοινωφελές Ίδρυμα Ιωάννη Σ. Λάτση για τις εξαιρετικές της επιδόσεις. Το 2008, αποφοίτησε από την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης και από τότε έχει υπηρετήσει σε διάφορες ιατρικές θέσεις, με εξειδίκευση στην Πνευμονολογία-Φυματιολογία. Η εκπαίδευσή της περιλαμβάνει θητεία ως ιατρός στο πρόγραμμα "Βοήθεια στο σπίτι", ως αγροτικός ιατρός στο Γ.Ν. Πύργου και στην άγονη υγειονομική περιοχή που υπάγεται στο Κέντρο Υγείας Ανδρίτσαινας. Επίσης, έχει εργαστεί ως ειδικευόμενη και εξειδικευόμενη στα Νοσοκομεία: Γενικό Νοσοκομείο Αιγίου, Γενικό Νοσοκομείο "Άγιος Ανδρέας" Πατρών, καθώς και στη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Πατρών. Κατά τη διάρκεια της πανδημίας COVID-19, εργάστηκε αρχικά στη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Πατρών και στη συνέχεια ως υπεύθυνη επιμελήτρια στην πνευμονολογική κλινική COVID-19 του ίδιου νοσοκομείου, συμβάλλοντας ουσιαστικά στη φροντίδα των ασθενών και στην αντιμετώπιση της υγειονομικής κρίσης. Παράλληλα, έχει συμμετάσχει σε επιστημονικές εργασίες που έχουν δημοσιευτεί σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά. Η πλούσια εμπειρία της στην ιατρική κοινότητα ενισχύεται από την πολυετή της ενασχόληση με τις αναπνευστικές παθήσεις και την συνεχή εκπαίδευσή της στον τομέα αυτό. Σήμερα, συνεχίζει την επαγγελματική της πορεία ως πνευμονολόγος στο ιδιωτικό της ιατρείο, προσφέροντας υψηλής ποιότητας και εξατομικευμένη φροντίδα στους ασθενείς της.